在三周目阶段，玩家需要将图鉴升级为386版才能解锁高效练级区域。前往火焰山右侧山洞，使用怪力技能推动石头获取红宝石并交还给博士，换取船票后可前往7个岛屿进行练级。其中1号岛灯火山、4号岛冰瀑洞窟等区域野生宝可梦等级较高，配合特定道具能显著提升经验获取效率。需部分岛屿需完成主线剧情后才能解锁，建议优先推进游戏进度至三周目。
使用学习装置和幸福蛋道具是提升经验收益的核心方法。学习装置可通过早期剧情获得，使队伍中未参战宝可梦也能分享50%经验值。幸福蛋需在图鉴收录50种宝可梦后向库库伊博士领取，携带后击败野生宝可梦可获得额外50%经验加成。同时通过宝可清爽乐将目标宝可梦友好度提升至2心以上，可再获得20%经验加成。这些增益效果可叠加计算，建议在挑战高经验值对手前完成相关准备。
乌拉乌拉岛的辉克拉尼山和12号路是公认的高效练级点。夜间在辉克拉尼山可遭遇皮宝宝，其召唤的吉利蛋提供大量经验值；12号路的电击怪召唤吉利蛋概率更高且战斗流程更短。冠军之路作为传统练级场所，击败二次挑战的四大天王单轮可获得62510经验值，适合已成型队伍的快速升级。对于需要特定努力值的宝可梦，可针对性选择四岛的小水怪、三号岛山洞后的土龙或21号水路的蔓藤怪进行战斗。
金手指代码可作为应急手段但不推荐长期使用。经验值加倍代码D01E42C9能使战斗经验获取翻倍，而D01E42C8可直接将宝可梦升至满级。此类方法可能影响游戏平衡性，且部分模拟器平台使用后会导致存档异常。更稳妥的方式是利用游戏内机制，如反复挑战道馆训练家或利用地下通道的NPC刷新机制，这些对手提供的经验值虽不及野生吉利蛋，但胜在战斗流程稳定可控。
后期练级应注重效率与资源管理的平衡。携带技能幸运蛋可额外增加50%经验获取，该道具需在7岛特定区域拾取或通过特定NPC交换获得。组队练级时建议将需要培养的宝可梦置于队伍首位，其余位置配置已成型的高战力宝可梦。注意控制队伍平均等级，避免因等级差异过大导致经验分配不均。游戏内时间机制会影响部分野生宝可梦的出现概率，合理安排游戏时间能有效提升特定时段练级效率。
